Développeur(se) bioinformaticien(ne) (H/F) en CDI

Description du poste et des missions

Au sein de la Direction Recherche et Innovation, vous êtes en charge du développement de pipelines bioinformatiques et de nouveaux modules ainsi que de leur transfert dans un environnement de production.

Vos principales missions sont les suivantes :

- Vous mettez en œuvre des pipelines bioinformatiques innovants dans un contexte d’analyses de données NGS ;

- Vous assurez le contrôle qualité des outils bioinformatiques nouvellement développés ou pré-existants (rédaction de la documentation technique des outils, des fiches de tests et réalisation de tests unitaires, des Spécifications des Besoins Utilisateurs) ;

- Vous assurez le développement des pipelines dans un environnement de production ;

- Vous participez au processus de validation des outils en coordination avec le département Assurance Qualité ;

- Vous mettez en place une veille technologique sur les méthodes et les outils :

• Assurer une veille technologique sur les outils de gestion des flux d’analyse (pipelines) ;


• Assurer une veille technologique concernant les nouvelles plateformes biotechnologiques.

Profil souhaité

Vous possédez un BAC+5 ou équivalent et avez une double compétence en science de la vie et en informatique.

Vous maîtrisez Python (R serait un plus), Snakemake (NextFlow serait un plus) et les méthodes d'analyses de données de séquençage.  

Vous êtes expérimenté dans le développement d’outils ou de pipelines bioinformatiques déployés dans des environnements à haute performance de calculs (HPC) et virtualisés (AWS ou autre), idéalement pour un usage en clinique.

La maîtrise de l’anglais est indispensable : vous serez amené à l’utiliser pour la lecture de documents et articles scientifiques, la rédaction de résultats, de rapports d’études et de publications d’études scientifiques ainsi que pour des présentations orales.

Lieu de la mission